崇祯六年正月二十三日，崇祯返回京城已经提上日程。计划是二月初三，崇祯一行从运河回京城。回程的人员数量有所减少。
在返回京城之前，崇祯还有许多事情需要处理。正月十六，崇祯已经派人到江西奉新县，征召宋应星为太子府属员，暂时没有品级。
另外崇祯为联合钢厂，制定了新的产品研发计划，就是蒸汽机车。此前北京兵仗局已经研制蒸汽机车，具体的进展崇祯不清楚。
机器制造的高速度，在船厂已经得到验证。蒸汽机车如果研发成功，就可以改变现有的交通状况，以及研发农耕机器。
船厂的数量有限，真正可以大量消耗钢材的，一个是农耕机器，一个是铁路建造。毕竟在焊接钢材的技术和船用蒸汽轮机研发成功之前，船只的结构只能以木材为主。
正月二十五日，宋应星来到南京城。宋应星此时的《天工开物》，已经整理完成。崇祯让随行的太监，在二十六日之后，陪同宋应星先后参观了造船厂，银元铸造厂。联合钢厂远在太平府，就没有参观。
在南方，宋应星没有见过这些机器。由于崇祯的交代，太监详细解说了各种机器设备的性能，作用。仅在船厂，宋应星就看了三天。
正月三十，崇祯在书房，详细给宋应星介绍了目前兵仗局的新产品研发流程。此次崇祯征召宋应星，实际上是让宋应星主管兵仗局的产品研发。并将兵仗局更名为大明皇家研究院。
大明皇家研究院，将彻底从皇宫中分离出来，从崇祯六年开始，各地原兵仗局工匠的三年新技术免费使用权将到期。
崇祯为此向宋应星咨询，如何改变目前兵仗局的人员待遇，如何通过商业手段收取专利费，如何通过这个松散的制造联盟快速推广新产品。并让宋应星在回京的路上思考这些问题。
宋应星，此时47岁（虚岁）。历次参加会试都没有在会试中成为进士。崇祯元年会试失利之后，再没有参加会试。此时还没有官职。以太子府属员的身份，实际上主持兵仗局的体制转变。对他是一个很好的发挥才能的机会。
兵仗局目前剩余的工匠，可以说是工匠水平最高的一批人。现存人数为六百八十三人。这些人将由匠户转为民户。未来的主要收入，一是制造机器设备，二是收取专利费用。崇祯在研究院拥有百分之三十的股份。工匠们在领取足够的薪水之后，占有百分之六十的股份。太子有百分之八的股份，宋应星有百分之二的股份。目前兵仗局现有的房屋和设备由研究院接手，另外崇祯会再给研究院白银八万两，作为太子朱慈烺的资本。
这是一个完全商业化的新产品研发机构。崇祯从抽水机和蒸汽轮机的缓慢推广中，明白了市场化运作的必要性。新产品研发需要投入人力物力，这些并不是崇祯顾虑。
崇祯需要让工业化生产在大明迅速推广，而不是仅仅为自己的皇庄生产产品。
二月初三，崇祯和魏国公徐弘基，诚意伯刘孔昭等道别，在南京守备太监卢九德的相送下，向北京行进。
此时，大量的欧洲商船，陆续到达科伦坡。科伦坡是欧洲商船的必经之路，此时被葡萄牙人占领。陆续到来的欧洲商船，将拉开科伦坡的海贸季节。
最先到达科伦坡的，是八艘葡萄牙船只。这些商船由于地利，每次都是第一批到达欧洲。这次比较特别的，是随船有更多教会传教士。
大明允许建立教会学堂的消息，让罗马教皇很兴奋。即使收容孤儿需要不少的开支，教会也决定开办更多的教会学堂。
西班牙和葡萄牙对传教事业的重视，远远超过商人风格的荷兰。这两个国家和罗马教皇有良好的关系。大明的西方传教士都是乘坐葡萄牙船只到达澳门，然后再到南京或京城。
此次多艘葡萄牙商船，共搭载了六十七名传教士，远超以前的单次派遣规模。
往年这些商船在科伦坡会停留一个月甚至更久。这次商船仅停靠四天，补充淡水，粮食，蔬菜，卸下了部分商品，就急忙向巴达维亚出发。此后科伦坡的海贸季节，停靠的船只会越来越多。这里是葡萄牙，西班牙，英格兰等国的船只停靠点。
荷兰人因为独立战争，在海洋之上和西班牙葡萄牙常有战斗，因此他们有自己的航海线路和补给点。在茫茫大海之上，船只的行踪很难掌握。因此战斗的发生地点，多在近海。
崇祯四年的荷兰东印度公司，不仅仅在料罗湾惨败，和日本的贸易也中断数年。（原有历史上崇祯五年荷兰重新获得日本贸易权）。这样之间造成荷兰东印度公司首次亏损。在已经过去的崇祯五年，盈利没有完全恢复。
十五艘商船，两艘战舰，在二月初九，停靠在巴达维亚码头。随船来到亚洲的还有三名荷兰东印度公司的核心董事。
荷兰人的商贸思维，决定了荷兰人比西班牙葡萄牙更变通。荷兰人更看重商贸利益而不是掠夺利益。十艘武装商船的覆灭，让公司的董事们很心痛。
来到巴达维亚公司总部后，三名董事才从科恩的口中得知，此时整个东南亚海域和东亚的形势，非常复杂。一是大明对东南亚海域的移民总量，已经很大。仅去年一年，苏门答腊岛上就移民超过五十万人。二是以前的利润大户倭国贸易中断，台湾贸易点撤离。去年荷兰东印度公司的盈利仅有倭国贸易中断之前的一半。
科恩从海商口中得知，倭国已经陷入了战乱之中，将军幕府目前处于下风。即使郑芝龙代表的大明可以提高货物来源，但公司更依赖亚洲内部市场。毕竟往来欧洲时间太长（最少一年半）。
科恩和三名董事，详细分析了目前公司的现状。随后科恩说到：＂公司的船只，在欧洲受到西班牙（含葡萄牙）船只的威胁，我个人认为，不宜和大明朝廷开战。＂
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