黑衣组织的剧情大略介绍：第04卷至第06卷
第04卷：
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动画第19集来自黑衣组织的女子大学教授事件，本书是第04卷第06八章开始。
琴酒的话，石峰保全并不全信，而组织做出的事情明显是针对美好心情财团。
作为回礼，山崎决定夜探基地，不过那里已经人去楼空，而在回来的路上，遇上了一个女孩，一个人走在路上。
那其实就是雪莉，组织打算把她运走，拿她当白鼠，她吃下了a4八69，结果变了，逃了出来。
山崎请她上车，她就上了车，然后说是阿笠博士家亲戚的孩子，她在调查工藤新一时，曾经向石峰保全买过阿笠博士的资料，所以在山崎面前说起来，没有破绽。
山崎视她为逃家的问题儿童，没有多管就把她送到阿笠博士家。
阿笠博士收养了灰原，她成为帝丹学的学生。
灰原把一个用于家居清洁的化学药剂专利交给阿笠博士授权给美好心情财团第一实验室（宫本美子为了保护阿笠博士，让他加入的，不过只是挂名），年收入至少过亿日元，但仍然不够用（灰原的奢侈品也花费巨大）。
灰原借用对面浅井家的地下实验室，帮助浅井香打工做基因克隆方面的实验（浅井香知道柯南是工藤新一，知道灰原与柯南一样，但不知道灰原是雪莉。）
柯南与灰原相遇，假的钱事件后，调查灰原给她姐姐的软盘，但没有发现，因为是证据，警方对软盘进行了检查，而软盘里的电脑病毒就此进入了警视厅的计算机系统潜伏下来。
灰原也想明白了，原来是她害死了她姐姐，也害了她自己，是她错把装有数据的软盘交给宫野明美，令组织确认雪莉背叛，所以不再怜惜她的才华，对她和她姐姐痛下杀手。
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动画第16-164集月亮、星星与太阳的秘密，本书是第04卷第07章开始。
犯人奥田伦明无罪，因为他的假钱已经退出流通很久了，他对米国有仇恨，后来被贝尔摩德利用成为杀人棋子，杀了整队的调查局人员。
{}/ 柯南并不知道这与组织有关，不止是这个，很多事件都不知道，他的对手就是他要找的。
……
第06卷
a动画第19集被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德，本书第06卷第0八47章开始。
传说中的bss乌丸家事件，虽然经作者证实了，不过本人认为横浜雨中楼事件中的那个年轻侦探才是。
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动画第6-7集格斗游戏的陷阱，本书第06卷第0八67章开始。
因为美好心情财团壮大，没有任务的茱蒂变成帝丹老师，接近山崎和美黛子。
动画第0-1集神秘的乘客，本书第06卷第0八71章开始。
贝尔摩德并没有变成新出明智，也没有暴露身份，而大明星莎隆和她女儿都在活跃着，跟贝尔摩德有没有关系，仍然是一个迷团，从证据上并没有关系。
贝尔摩德在玩，逗调查局玩，顺便布杀局。
d
动画第040-041集新干线护送事件，本书第06卷第0八91章开始。
犯人背后的药物贩子与黑衣组织有关，利用车辆夹带违禁药物。
剧场5通往天国的倒计时，本书第06卷第0915章开始，至第09章。
（本卷开始有游戏，如果给阅读带来不便，很抱歉，只能说以后尽量凑整章。）
贝尔摩德收了原佳明，而炸毁大厦的目的是掩藏常盘主机数据，他们用来入侵美好心情财团主机，以及制造茧游戏的辛德拉集团主机。
本书中辛德拉集团很强大，它拥有虚拟现实这种黑科技，可以想象出它是多么重要了。
f
动画第5八-59集来自芝加哥的男子，本书第06卷第09八八章开始。
詹姆斯过来了，顺便保护朋友马戏团老板，本书中犯人想杀了詹姆斯装作送去就医，詹姆斯放倒了他们。
……
就是这些。
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