黑衣组织的剧情大略介绍：第01卷至第0卷
第01卷：
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动画第1集云霄飞车杀人事件，本书是第01卷第001-0017章，这就不说了。
事件后续：第01卷第005章。
雪莉为了调查工藤新一是不是真的死了带部下前往工藤家，不过在山崎的安排下，工藤家没有任何异常。
雪莉的三个部下用监视这个笨办法，但正好美好心情财团的水曜部部长浅井香在阿笠博士家对面建房子，于是石峰保全误会他们是在窥视，就拿到了三个部下的体征并安装了跟踪窃听仪器。
雪莉不知情之下带三人回基地，以千叶县富津市富津岬的企业掩护，企业带自营码头（方便进出口私货）。
琴酒发现问题，当着雪莉的面，毫不留情的杀了她的三个部下，在给石峰保全一个交代的同时，反过来让石峰保全欠了人情。
雪莉吓坏了，浑浑噩噩的回房间，最后提葫芦灌顶般醒悟了组织的无情，醒悟自己不该相信组织，帮助组织，也发现有很多人可以算是间接是被她害死的，她应该听姐姐的话离开组织。
雪莉为了不再因为她而增加死亡人数，在工藤新一的调查报告上写下了已死。
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动画第1集奇怪的寻亲事件，本书第01卷第011章。
宫野明美由于妹妹雪莉的心思转变，开始想办法营救雪莉出组织，而最好的营救就是利益交换。
宫野明美为了积累犯罪经验，化名广田雅美参加了一个团体去打劫银行，最后在山崎个人的帮助下全身而退，同时展现了一些特工经验，虽然不足，但有经过训练。
（宫本美子想到了广野明美的身份，也知道了宫野夫妇这一条线，但是没说。）
动画第9集计算机事件，本书第01卷第005章。
石峰保全为了给琴酒一个交代，分了个任务给琴酒，是大木企业的任务，抹除证据（任务内容事先不知道），好让大木企业上市（这是没说的目的）。
琴酒做到了，然后想把大木企业拉下水，慢慢吸干即将上市的大木企业，大木琉璃识破，毅然决然的切断了与组织的联系，琴酒没有强求。
柯南与琴酒的爱车迎面而过，柯南还不知道那是琴酒的车子，琴酒更没有在意路边的孩。
……
第0卷：
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动画第56集电玩公司事件，本书第0卷第075章开始。
关西大汉龙舌兰被炸死了，死于琴酒故意安排的巧合，琴酒在完成获取计算机人才名单这个任务的同时，顺便铲除了皮斯可的势力。
{}/ 疾风盗贼团登场，黑衣组织外围，偷东西的。后来为了保密，贝尔摩德利用他们抢劫美好心情财团的银行，在他们汽车上装了爆炸物，制造了一个汽车爆炸列车出轨的巨大灾难，在杀了人毁了钞票的同时，打击美好心情财团。
动画第11八集浪花连续事件，本书第0卷第0595章开始。
沼渊己一郎登场，皮斯可训练基地的废品，原因是不愿意杀孩子，因此成为实验品。
他逃了出来，但神智不清了，在被关在屋顶上，一个人的独处之下，心智恢复，出来就杀人。
从此转战四方，残杀组织的地下情报络，从关西一直杀到关东，组织为了善后（第0卷第0606章有点），让被杀的人变成意外死亡，为了追杀他，腾不出大量人手去调查追捕逃走的雪莉，间接帮助灰原争取了沉淀的时间，也奠定了皮斯可的死。
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动画第14-15集神秘的狙击者事件，本书第0卷第061章开始。
为了给沼渊己一郎引起的麻烦善后，贝尔摩德利用化装能力清理相关政界人物。
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动画第1八集黑衣组织10亿日元抢劫事件，本书第0卷第061章开始，之前第0607章有布局。
宫野明美为了完成组织的任务，化名广野明美进入美好心情财团的米花银行支行，作为内应帮助疾风盗贼团抢劫银行，打击美好心情财团。
任务顺利完成，但疾风盗贼团的汽车在逃亡途中发生大爆炸，导致有轨电车出轨冲进大楼。
宫野明美完全没料到事情会搞这么大，但也明白她成了弃子，凶多吉少。
作为银行强盗事件的涉案人，宫野明美利用这个身份，想挑起石峰保全与组织之间的矛盾，所以一方面通知石峰保全，一方面去赴琴酒的约，但结果却没有拖延到时间。
琴酒一枪打在宫野明美眉心，宫野明美料到琴酒如果开枪就会对准眉心这个地方，所以戴了加铁板的特制帽子，但琴酒使用的子弹经过改造，子弹仍然穿透了铁板，不过没有杀死宫野明美。
琴酒把宫野明美扔给了石峰保全，说是处理了一个想挑起两家争斗的人，言下的意思是，所有事情都是宫野明美的问题。
宫野明美最好在美好心情中央病院，受子弹伤害，成了脑损伤的痴呆，什么时候与灰原，还不知道。
……
就是这些。
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