窦建德战败后，李世民乘势于武德四年（6集中兵力围攻洛阳。王世充眼见大势已去，就率领群臣出城投降。
武牢之役是唐统一中国过程中的一个关键性战役；此次战役的胜利，决定了整个中原的形势。李世民大胆而果断地指挥了这一战役，取得了一石二鸟之功，一举摧毁了两个强敌。
因此李世民受到嘉奖。因为功勋卓著，又领司徒、陕东道大行台尚书令，增邑二万户。
武德五年，刘黑闼在河北漳南筑台告祭建德，自称大将军，公开打起反唐旗帜。
不久，刘军攻占大片土地，定都洛州，自称东汉王。李世民率军攻打刘黑闼，此次战争，旷日持久，打得十分艰难！
最后刘黑闼大败，逃往突厥。然而两个月后，刘黑闼又返回再战，太子李建成亲征，并采纳魏征建议，用镇压和安抚相结合的办法，最后击溃刘黑闼，统一战争结束了。
在这场战争中，李世民兄弟虽各有建树，但李世民显然取得了更大的战功。而在这方面杜如晦是发挥了很大作用的。他在军中运筹帷幄，对战争双方的情况判断准确，他杰出的才干，受到了军内外人士的赞赏！
杜如晦也由此而升迁，李世民任陕东道大行台尚书令，杜如晦任大行台司勋郎中，封爵建平县南，食邑三百户。
不久以本官兼文学馆学士。文学馆是李世民为接待四方文士而开设的。十八学士中，以杜如晦为首。李世民曾令人画了十八学士图像，藏于书府，可见，李世民对他的礼遇之重。
李世民为天策上将后，开府置官属，又拜任杜如晦为天策府从事中郎，成为天策府的高级军事顾向！
精心策划玄武事变
李世民在统一全国中的卓著功勋，使他的威望日益增高，权势也逐渐扩大，政治地位和军事地位也迅速增长。李世民不仅掌握着大量军队，还担任尚书令的职务，居宰相之职。
这在唐王朝的上层统治集团中，尤其是在李氏兄弟中间有着特殊的地位。另外，在太原起兵和统一全国的战争中，李世民礼贤下士，广求人才，搜罗了一批谋臣猛将，形成了一个以他为核心的政治集团。
这个政治集团的形成和他在唐王朝中的特殊地位，使李世民产生了不满足于当秦王的野心。然而他的哥哥李建成，位居东宫，为人宽和、仁厚，辅助李渊处理政务，在唐王朝的初创过程中，他的作用也是不可估量的。
李世民与李建成在打天下时，两人同心协力，但到坐天下时，情况就不一样了。为了夺取皇位，兄弟俩变成了仇敌！
统一战争结束后，李世民与李建成的斗争日趋表面化。武德七年，李渊带三位皇子打猎，命他们驰射角胜，李建成乘机将一匹烈马交给李世民骑。
李世民不知有诈，骑上这匹马追逐野鹿，马烈性大作，三次尥蹶子，险些把李世民掀下坐骑；武德九年，李建成约李世民宴饮，暗中下毒，李世民饮后心中暴痛，吐血数升。在李建成和李世民的斗争中，齐王李元吉完全站在李建成一边，他和李建成经常会同后宫谮诉李世民。
李渊常常偏袒太子，信以为真，要加罪于李世民，幸亏陈叔达常常进谏，李世民才幸免于难。紧接着，李元吉又密告李世民有谋反之意，要求速斩世民。
不过此时李渊明智，他认为李世民有平定天下之功，谋反的证据又不足，没有下手杀害李世民。
在争夺皇位的斗争中，李建成和李元吉合在一起的实力大于李世民，况且李建成又处于太子地位，这更趋于优势地位。
这种形势使秦王府的僚属非常担心。房玄龄、杜如晦和长孙无忌等都认为，必须先发制人才能转危为安，他们劝李世民早下决心，尽快除掉李建成和李元吉，以保国家长治久安。
当然，李建成也看到了这一点，他想方设法瓦解秦王府的武将、谋士，不过这一策划没有获得成功。于是他们便在李渊面前诬陷房玄龄、杜如晦。李渊听信谗言，把房、杜二人驱逐出秦王府。
武德九年（626）夏，突厥数万骑犯边。李建成认为瓦解、分化秦王府精兵强将的机会来了。他向李渊推荐，由李元吉代李世民出征。
李元吉又请求将秦王府的名将尉迟敬德、程志节、段志玄、秦叔宝等调归自己使用，以增强北征实力。这一着实际上是要扼杀李世民。李世民感到危在旦夕，便与长孙无忌、高士廉、尉迟敬德等商讨对策，并派人密召房、杜二人进府，密商计策。
经过一番精心策划，李世民于武德九年六月四日发动了“玄武门之变”，在玄武门内设下伏兵，一举射杀了李建成和李元吉，为李世民夺取皇位扫清了障碍。
接着，又逼着李渊立李世民为太子，此时军政大权已完全落在李世民手中。李世民拜杜如晦为左庶子，协助他处理政务。同年七月，又调任杜如晦为吏部尚书。
善于理政善于治国
武德九年八月，李渊让位。李世民即帝位于东宫显德殿，改元贞观，尊李渊为太上皇。李世民做了皇帝，对群臣论功行赏，以房玄龄、杜如晦等五人功居第一。
进封杜如晦为蔡国公，赐食邑一千三百户。贞观二年晋升杜如晦为检校侍中，兼吏部尚书，检校侍中，即代理侍中，是门下省的长官，也就是宰相。
贞观三年唐太宗下诏授杜如晦为右仆射。从此，杜如晦与房玄龄同朝为相，为唐朝的盛世之治呕心沥血。
杜如晦是宰相，又是吏部尚书，执掌着选官任能的大权，他在引荐贤才，罢除不良官吏等方面，做了许多工作。
杜如晦取士用人，注重实践。当时选官取士往往重言词口笔，而不察其品德。杜如晦录用人员，主张先由州郡推荐，然后考核录用。在临终前他还推荐刚正不阿的戴胄做吏部尚书。
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