一阵刹车声响起，军警联合行动队迅速将一辆旅游大巴包围，正要毙犯罪团伙时，省公安厅高厅长突然来电阻挠，就在缉毒队长李爱国疑虑时，孤狼为拯救车上人质和卧底黑龙突然开枪，战友黄兵也跟着开枪，场面顿时失控。公安厅督察部突然赶到现场，以涉嫌受贿为由，将孤狼的父亲李爱国带走，而孤狼也因此被军区保卫部带走。
就在人们疑惑猜测李爱国队长有没有受贿时，真正指挥犯罪行动的头目毒蝎，早已伪造成车上受害人质，坐上救护车逃离案发现场，并开始暗中计划展开报复。
特战旅长罗定国接到中央督察组秘密指示后，才发现军警系统潜伏着被犯罪分子收买的腐败官僚，为了顺腾摸瓜剿灭敌特势力、情报组织和毒枭组织，罗定国和孤狼、黄兵在军事法庭上演了一出“苦肉计”，却不知以毒蝎为首的势力早已将报复之手伸向孤狼家属。
自幼博学多才的孤狼，从军事监狱逃脱，假装退伍返乡时，发现妹妹小芳不堪村霸凌辱上吊，而弟弟六子也被毒打至重伤，孤狼盛怒之下大开杀戒，违反行动计划，消灭了高厅长暗中保护的毒枭组织和廖生派来的日本杀手。
得知孤狼是心思缜密的狠角色，省公安厅高厅长对孤狼展开通缉，军队“大老虎”也暗中虎视眈眈，欲除之而后快。逃亡过程中，孤狼背着六子不慎坠落悬崖，六子因没有被及时抢救，不幸身亡。
为躲避腐败官僚追杀，孤狼伪造了战斗牺牲假象，整容成弟弟六子样貌，借用弟弟身份重新当兵入伍，希望从军队内部腐败官僚入手，查出父亲李爱国被栽赃陷害的真相。而黑龙却在此时因提不了干选择退伍。
面对自告奋勇的新兵六子，错失爱将的罗定国犹豫再三后，决定破格将六子调入中央直属特别行动组，让六子和黄兵搭班，潜入毒蝎洗黑钱的傀儡公司和房产公司，试图查出日本毒蝎集团倒卖国家军事情报和行贿受贿、贩卖毒品等证据。
为获得已经退伍的“军中黑客”黑龙协助，帮父亲洗脱嫌疑，六子和黄兵向不知情的黑龙打出“感情牌”，并在一次见义勇为中，误打误撞偶遇当年拯救的人质丹丹。
在一次重逢的醉酒狂欢后，邂逅了丹丹的孤狼，并不知丹丹是朱总小姨子，就在真相即将浮出水面时，孤狼和黑龙为了将拯救丹丹，再次鲁莽行事，导致罗定国精心布置的绝密行动，险些化为泡影。
在卧底行动过程中，孤狼和黄兵逐渐体会到部队外面的现实与复杂，感受到黑龙这位退伍老兵内心的孤寂与无助，艰辛与不易。孤狼和黄兵决定在完成任务前，要帮黑龙和丹丹实现自己的梦想，而丹丹并不知孤狼的用意，为帮助孤狼和曾经的两位救命恩人创业，丹丹走上了“被潜规则”道路。就在孤狼陷入情感漩涡时，黄兵为了查出真相以身犯险，而毒蝎早已通过潜伏军队的内鬼，识破孤狼和黄兵的真实身份，并暗中展开刺杀计划。面对狙击手的暗杀，孤狼激怒不知情的丹丹逃离现场。经过一番殊死搏斗，孤狼又一次违反行动规则，一举消灭毒蝎团伙，在搏斗中为了拯救包租婆的小孩，孤狼不幸坠楼牺牲，并因此打草惊蛇，使得潜伏在公安系统与军队内部的“大老虎”变得更加隐匿，从此销声匿迹，无据可查。中央督察组指挥多年的隐蔽战斗化为泡影。
当特战旅长罗定国告诉黑龙孤狼和黄兵的卧底身份时，黑龙才得知原来与自己朝夕相处的六子正是曾经并肩作战，曾在枪口下救过自己的孤狼，顿时感激涕零。
为了帮孤狼查清李爱国被栽赃的真相，黑龙放弃了当导演的机会，服从中央督察组的召唤，开始运用自己高超的黑客技术，在黄兵、小刘等战友秘密配合下，潜入犯罪团伙电脑系统，掌握了大量军警系统高官行贿受贿名录和证据，曝光媒体，公诸于众。
省公安厅高厅长和军区司令员被送进大牢，腐败分子最后才得知，这是孤狼违规策划的“计中计，局中局”。
黑龙被破格提干，回到家中看见父亲正在看新闻，只见电视机里习近平同志正在和老百姓握手。老百姓亲切赞誉习近平同志是腐败分子的克星。黑龙注视这茶几上和孤狼、黄兵昔日的照片，露出了欣慰的笑容。
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