后来曾有学者仔细研究过“万历儒潮”的详细过程，所有人都能清晰的感觉到其中有一支黑手在不停的推动。
从文庙喋血事件来看，原本张居正根本没有想过要闹这么大！调集军队的目的也只是抓捕、驱散为主。
但一名来自宣镇的儒生柴吾希却将整个矛盾彻底激化，他的父亲，一名宣镇的武将事后也遭到牵连。
整个事件的具体演变过程已经很难考证，每一个当事人说出来的话都截然不同。
幸存的儒生说，当时军队突然来了，一开始是对他们讲话，要求他们返回家里。但是在领头的几人怂恿下，他们开始激烈的抗议。
幸存者们说，军队并没有直接动手！在对天鸣枪示警后，开始有计划的想要抓捕他们。
“军队没有直接大屠杀，有过一些小冲突，但是并不是很激烈，但是当时局面很乱，跟随而来的百姓们惊慌失措的到处乱跑”
这是一名幸存者后来在书里记载的内容。
但是有军人却说：“我们接到的命令是镇压，一切胆敢反抗者格杀勿论！”
当有人问及究竟是否冲儒生和老百姓开枪时，大部分军人都异口同声的说：“开了！”
但是偏偏被屠杀的人却坚决否认军人冲他们开过枪！
高层的军官后来说，他们发布的命令很明确，只有驱散和抓捕，绝没有屠杀这条命令！
高层军官说的很直白，这件事太敏感，没有人胆敢一次性屠杀这么多手无寸铁的儒生！因此，他们始终表现的很克制。
然而亲历当时喋血事件的老百姓们却说：“他们就像一群屠夫，刚刚喊过几次话以后，就直接对着我们开枪！死了很多人，到处都是尸体！”
这是一场罗生门，究竟军队是否开枪，又是否杀了这么多人，已经无从得知。
甚至就连张居正和万历都有些疑惑，到底是否存在200余儒生喋血事件？
这里不得不说一下整个事件里最吊诡的地方，儒生死了200余人，但老百姓无一死亡！
按照坚持有屠杀事件发生的人的说辞，他们是被开枪打死的！事实上也证明。这些尸体的确是死于枪击，而非冷兵器。
(ex){}&/ 萧平再度升起了那个疑问，为何京城里的儒生都那般铁骨铮铮？一墙之隔的他们却如此懦弱不堪？
一群人静静的等待，直到傍晚时分，才有新的动作！
据后来一名亲历者回忆：
“当时情况很混乱，我们都很害怕。一开始只是听说皇帝被妖仙蛊惑，每家都要供奉一名婴儿当不死药的药引子。
他们说，京城里的举人老爷们为此联名抗议，但最终还是被杀了！
他们还说，很快县老爷就要派衙役们来挨家挨户收孩子！
起初我们也不是很信，但是后来街上真的开始出现衙役！他们态度很恶劣，经常冲入老百姓的家里搜寻什么！
他们说，这是在找合适生辰八字的孩子，如果再不进京告御状，很快就要轮到我们了。
我有一个三岁的小儿子，我是三十来岁才老来得子，我和我家里的娘们吓坏了。
娘们抱着孩子逃去了娘家，但据说在路上被人堵住了！
我赶紧和其他人一起进京告御状，带我们来的秀才公很大方，一路上的吃喝都是他提供的。
但是来到京城后我们又听说是有人要造反！
我当时就害怕了，但是秀才公说，如果现在就走会显得做贼心虚。我们不是造反，不要害怕，一害怕就真的被当成造反了。
我觉得他说的话很有道理，于是我们一直在等老爷们跟军爷协商好让我们进城。
后来又来了一群官兵和锦衣卫，这群官兵好奇怪，穿的衣服鞋子都不一样，头发很短，有些像还俗的僧人。
再后来，城里又出来了一群当兵的！好多人，密密麻麻，估计有个几十万人！
后来他们说只有一千多人，我觉得不止吧？
我当时很害怕，但是秀才公一直在给我们打气！
我们又等了很久，中途我去上了个大号！
我记得大概是快要黄昏的时候吧，说真的，我至今还记得当时那一幕！
太阳很红，照在那些当兵的脸上就像一群血人……”
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