在旅行的过程中，莎莉娜的皮丘不小心苹果噎住，大家带它到一家医院里，遇到了杜医生，在杜医生的疗下，皮丘好了，就在这时，神奇宝贝中心紧急来电，要杜医生所在的医院一些伤的神奇宝贝，杜医生只得临危命，然后委托塞蕾娜他们帮忙，最终一伙人留下来帮忙疗。
小黄的磐之力负责愈有严重外伤的神奇宝贝，其他一伙人给其他的神奇宝贝进行疗，然后火箭队的神奇宝贝也来疗，他们的神奇宝贝疗好后他们想抓住这里的神奇宝贝，但阿柏蛇它们不肯，然后他们又一手；
一行人在旅行中一只大葱鸭骗走了所有的精灵球，同时火箭队的神奇宝贝也骗走了，大家一起去找那个骗子账，最终骗子抓，小霞的神奇宝贝也拿来了。
一行人在继续旅行中，两只波克比顺利的孵化了出来，选择了小智和莎莉娜。
后来一行人来到了玩偶镇，这个时候正在举办娃娃节，莎莉娜和小黄一听说在这个时候女孩子买何东都可以折，马上展开了疯狂的购物，可苦了他们这些男孩子了。
然后玩偶镇举办了一场神奇宝贝娃娃女王的比赛，一行人中也就小霞参加了比赛，因为他们家虽然有很多的娃娃，但本上都是姐姐的，自己的一个也没有，莎莉娜和小黄对女儿节娃娃并不感兴趣，也就没有参加。
最终，小霞用自己的神奇宝贝闯入了决赛，武藏也到了决赛，而到最后，小霞的神奇宝贝前三只都败给了武藏的大舌头，最后还是可达鸭力挽狂然，败了大舌头，让小霞成为了冠军。
一行人在旅行的途中来到了一所幼儿园。
“我等你们很久了，各宝可梦训练家们，来，请进，幼儿园的孩子们都在等着你们呢。”就在这个时候，一大姐姐从一座房子中走出来对着并邀请他们进去。
在经过解释后，小智等人道原来是天要有宝可梦训练家过来，好让小朋友和宝可梦玩耍，不过现在不能来了，所以大姐姐现在很是沮丧，大姐姐现在也道自己刚刚是搞错了，小智他们并不是之前约好的训练家。
“是太感谢你们了，孩子们一定会很高兴的。”大姐姐非的感激，然后五人就跟着女生进了幼儿园。
“各小朋友，宝可梦训练家已经来了。”一进幼儿园，那大姐姐就对着里面喊道，然后就一窝蜂的跑出来许多的小朋友。
到头来，小智他们都出了各自地所有宝可梦，来陪小朋友们一起玩。
所有的宝可梦都和小朋友们玩成了一片，就练看起来比较凶狠地化石翼龙、暴鲤龙，也都非温和地载着小朋友们到处玩。
然后三人组来捣乱，结果还是飞了。
“好讨厌的感觉啊！”三人组起飞。
“啊，喵喵！”阿勉看到喵喵飞了出去，所以就向那边追去，看来他是的非喜欢喵喵啊！小智等人担心他，也只好去追他了。
……
“没有了。”大家一直追到一处矮矮的峭壁绝，小刚看着前方不道要下来去哪里了。
“我等你们很久了，在来第二吧！既然你诚心诚意地发问了……（跳过）。”这时不死心的火箭队又一登场，他们站在前方的一块巨石上。
“现在开始来的，我们这一一定要夺走皮卡丘。”武藏和小郎还是对皮卡丘念念不忘啊。
“这一用宝可梦来决斗，去吧！阿柏怪、大舌头！”“双弹瓦斯，口呆，你们也去吧！”武藏和小郎这用宝可梦对决来抓小智地皮卡丘还有伊伊洛。
“送上门的战斗，化石翼龙，决定是你了。”小智派出化石翼龙来对战。
“双弹瓦斯，撞击。”
“阿柏怪，紧束。”
“化石翼龙，钢翼！”
双弹瓦斯快撞了过来，阿柏怪也同时冲了过来，可是迎它们的就是化石翼龙地钢翼，双弹瓦斯和阿柏怪直飞了去，撞到了后面的岩壁上。
“糟了！”小智这时看到由于刚刚的撞击，岩壁上面的许多巨大岩石开始松动，并向下滚来。
“阿勉。”不过这时阿勉突然摔倒了。
与此同时，一只喵喵也突然窜出来，在中翻转了不几圈后，直一个飞踢，就把一巨石给踢成了两半。
“啊！是喵喵！你又来救我了。”阿勉看着喵喵兴奋的喊了一声。
“好讨厌的感觉啊。”而另一边的火箭队，他们一开始就站在一块圆石上，圆石现在也松动了，三人组踩着石头向远方滚去了，谁道他们会在么地方停下来呢。
“太好了！阿勉，你没有人伤，的是太好了……”大姐姐老师急忙来到阿勉面前。
然后那只喵喵看上了小智的实力然后和皮卡丘对战一场后。进入了小智的精灵球中。
“喵喵……”阿勉有些失落地看着服地喵喵。
小智拿起球看了看阿勉，“出来吧！喵喵！”
“喵喵！太好了！”阿勉非兴奋地抱住了喵喵。
“喵……”喵喵看了看阿勉，点了点头。
“喵喵，我道，你应该已经是这个城镇最的宝可梦了。但是，你也很楚，这个有许多你无法了解到的大宝可梦，你，要不要跟着我们去旅行？”小智来到喵喵跟前说道。
“喵！（我愿意！）”喵喵点了点头。
“谢谢你！后，我们就是伙伴了。”。
后来一行人走在森的上，发现了一座警犬卡蒂狗训练所，小智他们参加了训练，分分钟过关，之后火箭队用气体把大家的声音都变了，还让卡蒂狗的鼻子失灵，企图以假乱，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人，但最终卡蒂狗与君莎小姐的羁绊起了作用，卡蒂狗们没有上当，还赶跑了火箭队；然后一行人又继续旅行，遇到了天摄师阿彻，他想给皮卡丘拍照，但皮卡丘有些不习惯按快门的声音，所以是拒绝的，而阿彻非执着，一定要给皮卡丘拍照，最后得火箭队欺骗了他，同时他们还跑出来要对付小智他们，但还是飞了。
之后一行人与阿彻一起旅行，阿彻说有一种神奇宝贝鉴定考的考试，问小智要不要考试，，小智二话不说答应了下来。
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